水処理システム本部は、エンジニアリング部門（積算、システム提案）、機械製造部門（水処理機械製造）、プラント工事部門（官公庁・民間水処理プラント建設）、福岡海淡センター部門（海水淡水化施設まみずピアＯ＆Ｍ）を有し、上・下水道、簡易水道、海水淡水化、工場の給・排水など水に係わるシステム・水処理機械の設計・製作・工事・運転管理の技術を提供し、長崎、東京、を拠点として118名の人員で全国及び、中国（広東省深圳）で水処理ビジネスを展開しております。

長崎をもの造りの拠点として、東京・大阪・福岡に事業拠点化を行い、全国展開を更に推進すると共に、海外へは中国を主にグローバル展開を推進していきます。
その為に人材育成に力を入れ、技術・技能の習得、及び各種国家資格取得及び中国語・英語の語学取得を推進していきます。
また既存のビジネスに加えた、水に係わるニュービジネスの実現も合わせて展開していきます。